Im 5. oder 6. Jahrhundert, nach dem Rückzug der Römer, wurde das obere Mettauertal durch die Alemannen besiedelt. Die erste urkundliche Erwähnung von "Gansungen" erfolgte im Jahr 1240. Das Dorf unterstand der Gerichtsbarkeit der jeweiligen Besitzer der Burg Bernau im nahe gelegenen Leibstadt. Die Landesherrschaft ging 1386 von den Grafen von Habsburg-Laufenburg an die ältere Linie der Habsburger über. Diese verpfändeten nach dem Waldshuterkrieg von 1468 das gesamte Fricktal an Burgund. Als die Burgunder von den Eidgenossen während der Burgunderkriege vernichtend geschlagen worden waren, kam Gansingen 1477 wieder unter österreichische Herrschaft.

Nach der Reichsreform des österreichischen Kaisers Maximilian I im Jahr 1491 gehörte Gansingen zu Vorderösterreich. Die österreichischen Behörden besassen hier über weniger Kompetenzen als in den Nachbardörfern, da die Herrschaft Bernau eine gewisse Eigenständigkeit beibehielt. Während des Schwabenkriegs von 1499 zogen Bauern aus dem Mettauertal plündernd durch die Dörfer im benachbarten Berner Aargau.

Während des 17. Jahrhunderts gab es kaum längere Friedenszeiten. Der Rappenkrieg, ein Bauernaufstand, dauerte von 1612 bis 1614. Der Dreissigjährige Krieg, der zwischen 1633 und 1638 auch das Fricktal erfasste, traf Gansingen besonders hart: nach dem Rückzug der Schweden standen nur noch vier Häuser und die stark beschädigte Kirche. Auch während des Pfälzer Erbfolgekriegs (1688-1697) zogen fremde Truppen durch die Region.

1797 wurde das Fricktal nach dem Frieden von Campo Formio ein französisches Protektorat. Während des Zweiten Koalitionskriegs verlief hier die Frontlinie zwischen den Armeen Frankreichs und Österreichs. Am 20. Februar 1802 wurde Gansingen eine Gemeinde im Distrikt Laufenburg des Kantons Fricktal, der sich im August der Helvetischen Republik anschloss. Damit war die Gemeinde schweizerisch geworden. Seit dem 19.03.1803 gehört Gansingen zum Kanton Aargau.

Bei einem Grossbrand im Jahr 1814 wurden in Gansingen 29 Häuser ein Raub der Flammen, darunter das sieben Jahre zuvor errichtete Schulhaus. 1829 brannte der Ortsteil Galten vollständig nieder. Mitte des 19. Jahrhunderts setzte aufgrund von Missernten eine Auswanderungswelle ein; bis 1910 nahm die Bevölkerungszahl um über einen Drittel ab. Bis weit ins 20. Jahrhundert hinein blieb Gansingen landwirtschaftlich geprägt, daneben existierten einige Gewerbebetriebe wie z.B. eine Nagelschmiede. Die Bevölkerungszahl stagnierte bis zu Beginn der 1980er-Jahre, seither ist sie wieder leicht ansteigend.